Por su situación cercana al trópico de Capricornio, podría presumirse un clima más cálido pero está atemperado, en gran parte, por la altitud, por vientos predominantes (provenientes del Atlántico), por la existencia de bosques y monte nativo, por las frecuentes lluvias (que alcanzan una media anual de 1.700 mm.) y porque la casi totalidad de sus límites está conformada por ríos (el Iguazú al Norte, el Paraná al Oeste, el Pepirí Guazú y el Uruguay al Este y el Chimiray al Sur).

Los vientos predominantes son los del noreste, sureste y este. En primavera, hacia octubre, y en verano, hacia enero, caen las lluvias más abundantes.

Excepcionalmente se producen eventos de granizada y/o aguanieve, las heladas son regulares y suelen ocurrir en las zonas más elevadas (como Bernardo de Irigoyen y San Pedro).

La suma de estas características hace que el clima misionero no sea riguroso en relación con otras regiones de igual latitud, en donde predomina el exagerado calor. Las temperaturas oscilan alrededor de los 20°C y 30°C en los meses de primavera (octubre / noviembre), la humedad ambiente alcanza los 70-75% de media anual, con un pico máximo en el mes de julio.